Nel 1490 Mantegna tornò a Mantova e si rimise immediatamente al lavoro sulla serie dei Trionfi, lasciata incompleta a causa degli impegni romani.
Portare a termine i Trionfi non era impresa da poco, l’opera era immensa e impegnativa. Nonostante ciò Mantegna accettò diversi altri incarichi e commissioni, che riuscì a soddisfare grazie all’aiuto di validi aiutanti.
Tra il 1491 e il 1494, i suoi collaboratori affrescarono alcune sale della residenza marchionale di Marmirolo, oggi distrutte. Sempre a Marmirolo produssero una nuova serie di Trionfi, oggi persa, che venne confusa con i Trionfi di Cesare, e che era forse dedicata a Petrarca o Alessandro Magno.
Nell’ultimo decennio del 1400, Mantegna probabilmente produsse i monocromi a soggetto biblico, conservati in vari musei nel mondo, e diverse Madonne con Bambino, tra cui la più antica è la Madonna Poldi-Pezzoli, nella quale sono evidenti diverse affinità con la Madonna Butler e con la Madonna dell’Accademia Carrara.
Nel 1496 Mantegna realizzò la pala detta Madonna della Vittoria, destinata alla chiesa di Santa Maria della Vittoria, per celebrare la vittoria di Francesco II nella battaglia di Fornovo del 1495, e la conseguente cacciata temporanea dei Francesi dall’Italia. L’opera è contraddistinta da una colorata esuberanza decorativa, che ricorda le opere realizzate dall’artista in gioventù.
In questo periodo Mantegna produsse alcune Sacre Famiglie con le stesse caratteristiche stilistiche della Madonna della Vittoria.
Nel 1497 Mantegna realizzò la Pala Trivulzio per l’altare maggiore della chiesa di Santa Maria in Organo di Verona, custodita nella Pinacoteca del Castello Sforzesco di Milano.
Una personalità che influenzò molto l’arte di Mantegna fu Isabella d’Este, la quale diventò nel 1490 moglie di Francesco II di Gonzaga.
Isabella fu una delle donne più colte del Rinascimento, giunse alla corte di Mantova accompagnata da un seguito di artisti della sua città, Ferrara.
Mantegna non perse tempo e cercò subito di piacere alla marchesa. Per colpirla, aggiornò il suo stile e si avvicinò notevolmente alle tecniche dominanti in quel periodo, ammorbidendo alcuni dei tratti più forti della sua arte.
Isabella d’Este sicuramente apprezzava artisticamente Mantegna, ma spesso scelse di avvalersi di altri artisti, come per esempio Leonardo da Vinci.
Per Isabella, Mantegna realizzò diverse opere, come le due tele del Parnaso del 1497 e il Trionfo della Virtù, prodotto tra il 1499 e il 1502. Durante questo periodo disegnò anche la tela Isabella d’Este nel Regno di Armonia, realizzata da Lorenzo Costa dopo la sua morte.
Queste opere s’inseriscono nel contesto dell’attività dello studiolo del Castello di San Giorgio, che la marchesa impreziosì con la sua collezione personale di opere d’arte e oggetti preziosi.
La scelta dei soggetti da parte della marchesa creò non poche difficoltà anche ad artisti di grande fama e talento, come Perugino e Giovanni Bellini, i quali si videro rifiutare le loro proposte o, addirittura, declinarono l’incarico.
